Esta civilización llegó a formar un Estado con una organización social realmente sorprendente, que no deja de causar aún hoy en día el asombro de investigadores e historiadores del mundo entero. La población vivía en casas o pequeños núcleos habitacionales diseminados por el campo y los sembradíos. Cuando se trataba de pueblos de mayor envergadura, éstos solían encontrarse enclavados en salientes rocosas y demás sitios no aptos para los trabajos agrícolas, de manera de aprovechar al máximo las superficies cultivables.

Las personas que habitaban estos pueblos se agrupaban de acuerdo a una forma original de organización social denominada ayllu, que fue la base de esta sofisticada estructura. El ayllu era una comunidad conformada por todos los descendientes de un antepasado común, y no tenían un número predeterminado de miembros, podían ir desde unas pocas decenas hasta cientos de personas. El conjunto de ayllus formaba la población de las aldeas, y cada uno de ellos, como una unidad social poseían un determinado territorio a los efectos de la residencia, el culto a los espíritus y las labores agrícolas a las cuales estaban obligados.

Esta misma estructura estaba presente incluso en la corte real, ya que la nobleza cuzqueña era el grupo descendiente del monarca, pero se diferenciaban por su denominación especial –panaca real-, algunos privilegios como el de la poligamia, y además por que no poseían porciones de tierra asignadas debido a que nunca debieron cumplir con tarea agrarias. En oportunidades, se realizaba el traslado de ayllus completos, que a veces significaba el traslado en masa de pueblos enteros, por motivos religiosos, estratégicos, políticos o económicos. Estos grupos trasladados eran denominados mitimaes.

El pueblo o hatun runa, era el verdadero motor del imperio, tenían la responsabilidad de trabajar las tierras del Estado con el objeto de crear riquezas que fueran suficientes para el mantenimiento básico personal de los plebeyos, la manutención de las clases privilegiadas improductivas y del inmenso aparato estatal. Los miembros de los ayllu, es decir todo el pueblo fuera de la nobleza, no poseían absolutamente nada ya que en el imperio no existía algo como la propiedad privada, y ni siquiera podría llamarse privada a su vida personal. No les estaba permitido cambiar de residencia, ni siquiera cambiar los colores de la ropa y el sombrero que debían utilizar para ser identificados según su origen, además no tenían derecho a ninguna clase de educación proveniente del Estado, salvo la estrictamente ligada al aprendizaje de técnicas de trabajo. Dentro de los ayllus, aunque con cierta independencia de éste, se encontraban los Yanaconas, que aparentemente tenían la tarea de cuidar las propiedades rurales del Inca, como sembrados y ganado, aunque no se ha llegado actualmente a una conclusión definitiva sobre la actividad y status de este miembro del grupo.

El Estado llevaba el control estadístico sobre todo; se contabilizaba y registraba la población según sexo, edad, clase, ocupación, residencia. Toda la población del Tawantinsuyo se dividía según un sistema decimal que los organizaba en decurias, agrupaciones de diez cabezas de familias de entre veinticinco y cincuenta años. Luego se organizaban en cincuenta, cien, quinientos y mil individuos, categorizados por edad, sexo, etc.

Todos los individuos estaban completamente controlados por el Estado prácticamente en cada uno de sus actos, incluso en los más íntimos como las relaciones con sus congéneres. Nada era privado, ya que según la concepción del Estado todo era de su incumbencia, de manera que era absolutamente normal el control incluso sobre los nacimientos y los matrimonios, siendo esto último de carácter obligatorio. Si alguien no había encontrado con quien contraer matrimonio dentro de las edades indicadas, entre los 24 y 26 años para los hombre y de 18 a 20 para las mujeres, el funcionario encargado formaba las parejas según su criterio, de manera de que todos cumplieran con su obligación. Algunas mujeres solteras podían llegar a convertirse en concubinas de altos funcionarios

El Quipucamayoc era el funcionario que se encargaba de controlar todas estas cuestiones de estadísticas y censos, fundamentales para las políticas demográficas seguidas por el Estado. Su elemento de trabajo primordial era el quipu, complejo instrumento confeccionado en cuerdas, que según la forma, nudos y colores con que se armaba, contenía una u otra información. Este sistema nemotécnico tenía un método que pocos conocían ya que su enseñanza estaba reservada solamente a escogidos funcionarios estatales, miembros de la nobleza y otros pocos individuos ligados a tareas estatales. Existían en el Cuzco depósitos especiales donde se guardaba toda esta información, a manera de un gigantesco ministerio de economía de un Estado del mundo actual.